Making Kiddush on Yom Kippur is a מחלוקת between
ר' עקיבא איגרon a Shabbos and the
holds it is a מצוה דאורייתא to make Kiddush every
Yom Kippur. (even weekdays)
If it is a מצוה דאורייתא, one must have כוונה in the
שמונה עשרהi on Yom Kippur night when saying
ברוך אתה ה' – מקדש ישראל ויום הכפורים
to be מקיים (Yotzei) מצות קידוש.
שבת יו"כ everybody agrees that it is
a מצוה דאורייתא and one needs to have כוונה to
be יוצא
As far as I know, ספרי הלכה don't mention the מצוות קידוש ביו",כ
It is unfortunate how many people are unaware of this מצוה and
are not יוצא קידוש on Yom Kippur.
Mori V'Rabi Harav Hagaon R. Shlomo Miller Shlita said
If one is unaware of this Halacha that מקדש ישראל ויום הכפורים
is the קידוש of Yom Kippur then he is a מתעסק (when saying it)
Mitzvos דרבנן one is יוצא even without כוונה However,
if one is מתעסק he is not יוצא even מצוות דרבנן.
Therefore one must at least know that the Bracha of מקדש ישראל
is the קידוש ליום כיפורים
According to the חתם סופר, or on שבת יו"כ knowing is not enough
you must also have כוונה to be יוצא קידוש when saying the Bracha
of מקדש ישראל.